BBMAP 짧은 읽기 aligner 및 기타 생체 정보 공구.
- 소프트웨어 : BBMap
- OS : Solaris,Windows,Mac,BSD
- 프로그래밍 언어 : Java
- 공식 웹사이트 : HOME
BBMap 상세
이 패키지에는 BBMAP, 짧은 읽기 정렬 자뿐만 아니라 다양한 다른 생체 정보 공구가 포함됩니다.그것은 순수한 Java로 작성되며 모든 플랫폼에서 실행될 수 있으며 Java가 설치되는 것 이외의 종속성이 없습니다 (Java 6 이상을 위해 컴파일 된 경우).모든 도구는 효율적이고 멀티 스레드됩니다.
BBMAP : DNA 및 RNA-SEQ 데이터에 대한 짧은 읽기 정렬 자.수백만 가지의 비계로 임의로 큰 게놈을 취급 할 수 있습니다.Illumina, Pacbio, 454 및 기타 읽기를 처리합니다.매우 높은 민감도와 오류 및 수많은 큰 indels의 관용.매우 빠른. bbnorm : kmer 기반 오류 수정 및 정규화 도구.
DEDUPE : 대상 백분율 ID를 공유하는 중복 또는 포함 된 하위 시퀀스를 제거하여 어셈블리를 단순화합니다.
다시 포맷 : FASTA / FATCQ /SCARF / FASTA + QUAL / SAM, 인터리빙 / 페어링 및 ASCII-33 / 64, 500MB 이상.
BBDUK : 필터, 트림 또는 마스크는 Artifact / Contaminant 파일과의 KMER와의 읽기를 읽습니다.
… 그리고 더!